中国农业科学院烟草研究所成立于1958年，是经国务院科学规划委员会批准、农业部筹建的国家农业专业研究机构。1959年4月经山东省人民委员会批准，正式增名“山东省烟草研究所”。1987年经国家科委、劳动人事部批准，增挂“中国烟草总公司青州烟草研究所”牌子，实行以中国农业科学院为主的三重领导体制，是中国唯一的国家级烟草农业科研事业单位。

中国农业科学院烟草研究所承担引领中国烟草农业科学技术发展、组织中国农业科研协作、培养高层次农业科研人才的任务，设置了烟草遗传育种、烟草功能基因组、烟草栽培与调制、烟草质量安全风险评估、烟草功能成分与综合利用、烟草病虫害防控6个研究方向。

根据2016年3月研究所官网显示，中国农业科学院烟草研究所有在职职工206人；有农业部重点实验室2个，烟草行业重点实验室2个，中国农业科学院重点开放实验室1个，6支所级科研创新团队；有4个一级学科博士学位授权点和8个二级学科硕士学位授权点，2个博士后工作站。