农科院形成了粮油作物种质创新与推广应用、园艺作物新品种选育与高效栽培、食用菌种质创制与产业化技术、畜禽新品种选育与健康养殖、生态农业与植物病虫害绿色防控、农产品质量安全与保鲜加工技术、农业生物技术与资源评价利用、现代农业经济与数字农业技术等八大优势学科。

截至2014年，农科院设有10个研究机构，1个综合服务中心和1个综合试验站；有在职职工836名；设有博士后科研工作站，与上海海洋大学、上海交通大学等机构联合培养研究生