农业农村部环境保护科研监测所于1979年经国务院和农业部批准正式建立，是中国从事农业农村环境保护科学研究和监测的专业机构，隶属中国农业科学院管辖。

农业农村部环境保护科研监测所于1997年划归中国农业科学院，2002被科技部、财政部、中编办批准为非营利性科研机构。重点围绕农田污染防治、农业环境监测与预警、生态循环农业和乡村生态环境治理四大学科领域的基础性、战略性、关键性、应急性重大科技问题。环保所作为中国农业科学院环境科学与工程牵头研究所，在农田污染防治、农业环境监测、农业生态与农业废弃物处理利用、乡村生态环境等学科领域取得了一系列的成绩。