2005年，根据新时期农业农村经济发展需要，根据当前重大动物疫病防控的新任务、新要求，为提高我国重大动物疫病预防控制和应急处置能力，保障公共卫生安全，促进畜牧业持续、快速健康发展，根据国务院《国务院关于加快推进兽医体制改革若干意见》和事业单位分类改革的有关精神，经中编办批准，农业部对部属畜牧兽医单位的机构编制进行了调整，将单位更名为中国动物卫生与流行病学中心。